Seit 1517 wohnte Thomas Mayer in Loßburg, einem Dorf, das zur Herrschaft des Klosters Alpirsbach gehörte. Als Kriegsmann gehörte er zu den reicheren Bürgern des Ortes sein Haus wurde in einem Herdstättenverzeichnis von 1525 auf 200 Gulden veranschlagt.

Über Mayers familiären Hintergrund ist wenig bekannt, vermutlich stammte er aus bäuerlichen Verhältnissen der Region. Wohl wegen seiner militärischen Fähigkeiten wurde Thomas Mayer früh zum Anführer des sogenannten „Haufens vor dem Wald“ ausgewählt. Die den aufständischen Bauern wenig gesonnene Zimmerische Chronik würdigte zusammenfassend das große Talent Mayers: Er „wiglet die pauren allenthalben uf“ und habe gemeinsam mit diesen die Schlösser zahlreicher Adliger eingenommen und dabei reichlich Waffen und „Geschütz“ für die Aufständischen erhalten. Angetrieben wurde Mayer neben dem Kampf für praktische Verbesserungen und die Reduzierung von Abgaben insbesondere von religiösen Gründen. Mayer beruft sich auf das göttliche Recht, Jesus Christus und das heilige Evangelium.

Beeindruckend ist der Aktionsradius von Mayer. Er reichte von den Schwarzwaldorten Schenkenzell und Baiersbronn bis nach Balingen am Fuß der Schwäbischen Alb. Aus den Quellen tritt neben den großen militärischen Fähigkeiten vor allem organisatorische Begabung, Entschlossenheit aber auch sein Gespür für Symbolik hervor. So zerriss er nach der Einnahme von Sulz eigenhändig eine Urfehdeverschreibung aus dem Aufstand des Armen Konrads. So konnte der charismatische Mayer konnte nicht nur zahlreiche Bauern für die Sache des Aufstands gewinnen, sondern auch Stadtbürger und Adlige. Zugleich war Mayer aber auch pragmatisch: Als er merkte, dass eine Einnahme der zu der Herrschaft von Zimmern gehörenden Stadt Oberndorf und der Reichsstadt Oberndorf unmöglich war, sah er davon ab. Stattdessen wandte er sich nach der Einnahme von Sulz nach Norden und zog über Herrenberg nach Böblingen. Nach der Niederlage der Bauern bei der Schlacht von Böblingen wurde Mayer im Zinsbachtal westlich von Pfalzgrafenweiler (Landkreis Calw) verhaftet und in Tübingen enthauptet.