Nach der Schlacht von Böblingen kehrt für Rudolf von Ehingen zunächst keine Ruhe ein. Er zieht mit dem Schwäbischen Bund weiter nach Neckargartach und berichtet der Regierung aus dem dortigen Feldlager, dass er mit den Truppen weiter nach Würzburg ziehen werde. In Neckargartach wird von Ehingen vermutlich Zeuge der Hinrichtung Jäckelin Rohrbachs, dem Hauptverursacher der Weinsberger Bluttat, zu deren Opfern auch sein Sohn Burckhardt zählte. Im Juni folgte ein Brief an die Regierung, in dem von Ehingen berichtete, dass er vom Erzherzog Ferdinand zum Kriegs- und Bundesrat ernannt wurde − sicherlich aufgrund seiner Verdienste im vergangenen Aufstand. Als der Bauernkrieg im April 1525 Württemberg erreichte, war der Ritter Rudolf von Ehingen bereits krisenerfahren. Ein Niederadeliger, der bereits lange Jahre im Dienst des Herzogs und, nach dessen Vertreibung im Jahr 1519, im Dienst des neuen württembergischen Landesherrn, Erzherzogs Ferdinand von Österreich, stand. Ab 1523 war er Teil der Regierung, die − dem österreichischen Statthalter Wilhelm von Waldburg unterstellt − das Herzogtum verwaltete. Neben Erfahrungen mit vergangenen Aufständen war er 1523 zudem Hauptmann der berittenen Bundestruppen im Feldzug gegen Unterstützer des fränkischen Raubritters Hans Thomas von Absberg.

Nachdem von Ehingen bereits Ende des Jahres 1524 für den Kaiser in Stockach mit den Hegauer Aufständischen verhandelt hatte, ritt er als regelrechter Krisenmanager durch das Herzogtum. Dabei war er mit einem folgenschweren Problem konfrontiert: Er konnte nur die Ressource an die einzelnen Ämter des Herzogtums weitergeben, die ihm zur Verfügung standen. Wichtige Unterstützung erhielt die Regierung von ihrem Landesherrn aus Innsbruck allerdings nicht. Zu viele Aufstände loderten in den Herrschaftsgebieten der Österreicher. Ein Grund, warum die württembergische Regierung, die letztlich handlungsunfähig vor den Aufständischen von Stuttgart nach Tübingen floh, die Hoffnung auf ein Ende des Aufstandes in den Schwäbischen Bund setzte.