Jakob Fürderer gehörte zu einem exklusiven Kreis von Familien, die in Württemberg eine Verwaltungselite bildeten und in den einzelnen Ämtern die Stellvertreter der Herrschaft waren. Die österreichische Regierung versuchte ihre Herrschaft in Württemberg zu stabilisieren, indem sie gerade "problematische" Ämter mit vertrauenswürdigen Personen dieser Beamtenschicht besetzte. Mit dem Amt Kirchheim hat sie Jakob Fürderer einen Bärendienst erwiesen. Das Amt war eine regelrechte Hochburg von Anhängern des im Jahr 1519 vertriebenen Herzogs. Ihr früherer Vogt Jörg von Ow war mit dem Herzog außer Landes geflohen. Über Spione und Boten wurden Nachrichten zwischen dem Herzog und seinen Anhängern im Herzogtum ausgetauscht. Ein Netzwerk, das Jakob Fürderer nicht durchbrechen konnte.

Im Jahr 1525 verbanden sich die inneren Unruhen mit dem Aufstand von 1525. Am 21. April floh Fürderer schließlich aus Kirchheim in die Reichsstadt Esslingen. Als Begründung schreibt er: Er habe die letzten Jahre "viele böse Buben" bestraft, die sich nun an ihm rächen wollen. Bekannte Adelige rieten ihm, nicht mehr zurückzukommen, da sonst sein Leben bedroht wäre. Als Vertreter der Regierung wurden die Amtsträger oftmals zur Projektionsfläche des Protests für die Aufständischen. Fürderer selbst scheint in seinem Amt nicht sehr beliebt gewesen zu sein. Während er den Aufstand unbeschadet überstand, wurde sein Haus von den Aufständischen zerstört. Seine Flucht blieb in Esslingen allerdings nicht unbemerkt. Fürderer, der Frau und Kinder zurückgelassen und seinen Treueeid gebrochen hatte, sorgte für Gesprächsstoff. Nach seinem Zwischenstopp in Esslingen fand er auf dem Hohenneuffen beim dortigen Burgvogt Klaus von Baldeck Unterschlupf. Sein Treuebruch hatte für ihn offensichtlich kein Nachspiel. Beziehungen bis in den Regierungsrat hinein spielten hier eine Rolle. Sie erlaubten ihm größere Freiheiten als vielen anderen seiner Amtskollegen. In das Amt Kirchheim kehrte Fürderer allerdings nicht mehr zurück. Bereits im Jahr 1526 folgte er seinem Vater auf das Vogtamt in Stuttgart nach, das er bis zu seinem Tod im Jahr 1531 ausübte.